Marighella foi morto na noite do dia 4 de novembro de 1969, dentro de um carro, na Alameda Casa Branca, zona nobre de São Paulo. O convento dos dominicanos protegia também membros de outras organizações clandestinas como a VPR, o MR-8 e a ALN. Marighella os usava como contatos. Os dominicanos marcavam encontros em lugares preestabelecidos, em “pontos” (contatos) na Alameda Casa Branca. Faziam parte do esquema o frei Fernando de Brito e o frei Ives do Amaral Lebauspin. Suspeitas sobre o convento puseram-no em observação. O telefone do mesmo passou a ser monitorado.
Frei Fernando e frei Ivo foram ao Rio e combinaram, por telefone, um encontro. Ao comparecerem ao “ponto” foram presos. Interrogados, entregaram o esquema. Marighella marcava os “pontos” com ligações telefônicas para frei Fernando, na livraria Duas Cidades em que ele trabalhava, usando a senha: “Aqui é da parte de Ernesto. Esteja hoje na gráfica”.
Frei Fernando foi levado pela polícia à livraria para aguardar o telefonema. Na hora marcada, o telefone tocou e frei Fernando atendeu, ouviu a senha e confirmou o “ponto” que seria às 20 horas, na altura do nº 800 da Alameda Casa Branca.
O dispositivo para prender Marighella foi armado. Homens escondidos nos edifícios em construção e numa caminhonete observavam tudo. Do outro lado da rua, o delegado Fleury fingia namorar. Mais adiante, outro casal também “namorava”. No lugar certo, o Fusca de sempre, com os dois frades dentro.
Pouco antes da hora, um homem passou devagar, examinando o local. A polícia o identificou como sendo Edmur Péricles Camargo, mas o deixou passar. Na realidade, não era Edmur e sim Luiz José da Cunha (Crioulo), que dava cobertura a Marighella. A polícia preferiu esperar um peixe maior.
Marighella chegou pontualmente às 20h00, dirigiu-se ao Fusca e entrou na parte traseira. Frei Ives e Fernando saíram rapidamente do carro e se jogaram no chão. Percebendo a emboscada, imediatamente reagiu à prisão e foi morto. Marighella seguiu as normas de seu manual. Portava um revólver e levava duas cápsulas de cianureto. Na ocasião, em meio a intenso tiroteio, morreram também a investigadora Stela Morato e o protético Friederich Adolf Rohmann, que passava pelo local do tiroteio. O delegado Tucunduva foi ferido gravemente.
Acabava assim Marighella, mas seus seguidores continuaram a agir segundo seu Minimanual, que aterrorizou o Brasil e o mundo.
Em 1996, um dossiê da Comissão Especial de Mortos e Desaparecidos do Ministério da Justiça contestou a versão oficial de sua morte e homologou a decisão de conceder o pagamento de indenização à sua viúva, Clara Charf. Para a comissão, prevaleceu a justificativa de que Marighella teria sido abatido com um tiro no peito, à queima roupa. Primeiro, não é viável que o delegado Fleury perdesse a oportunidade de prender Marighella, para interrogá-lo, deixando que o executassem. Segundo, é fantasioso que, para confirmar a versão do tiroteio, tivessem assassinado a investigadora, o protético e ferido gravemente o delegado. Se Marighella foi morto à queima roupa, por que o tiroteio?
Veja mais sobre as vítimas de novembro em www.averdadesufocada.com/
Leia sobre o assunto no livro "A Verdade Sufocada - a História que a esquerda não quer que o Brasil conheça"